Bước 1: Tổ chức, cá nhân nộp hồ sơ đăng ký Cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm qua hệ thống dịch vụ công trực tuyến hoặc qua đường bưu điện hoặc nộp trực tiếp đến Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm tỉnh.
Bước 2: Trường hợp có yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ, cơ quan tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm thông báo bằng văn bản cho cơ sở trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ.
Trường hợp quá 30 ngày kể từ khi nhận được thông báo, cơ sở không bổ sung, hoàn chỉnh hồ sơ theo yêu cầu thì hồ sơ của cơ sở không còn giá trị. Tổ chức, cá nhân phải nộp hồ sơ mới để được cấp Giấy chứng nhận nếu có nhu cầu.
Bước 3: Đối với hồ sơ hợp lệ, trong thời gian 15 ngày làm việc Chi cục sẽ có Quyết định thành lập đoàn thẩm định và tổ chức thẩm định tại thực địa.
Trường hợp kết quả thẩm định đạt yêu cầu, trong thời gian 05 ngày làm việc kể từ ngày có kết quả thẩm định, cơ quan tiếp nhận hồ sơ cấp Giấy chứng nhận.
Trường hợp kết quả thẩm định tại cơ sở chưa đạt yêu cầu và có thể khắc phục, đoàn thẩm định phải ghi rõ nội dung, yêu cầu và thời gian khắc phục vào Biên bản thẩm định với thời hạn khắc phục không quá 30 ngày.
Bước 4: Trả giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm cho cơ sở.